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2023-09-28 北京
更多>>檢測研究
廣東省微生物研究所 廣東省微生物菌種保藏中心發起共建全球模式菌株庫(GTSB)的倡議書
http://m.06v13.cn 來源:廣東省微生物研究所 時間:2020-09-04

微生物菌種資源是重要的戰略資源,與人類健康和生態安全息息相關。深度發掘、共享和利用微生物資源對生命科學研究和生物產業技術創新具有重要意義。目前普遍認為僅有1%-5%的微生物被分離鑒定,部分學者甚至認為已知的微生物僅占十萬分之一(Locey& Lennon,2016),絕大多數微生物仍未被發現和分離鑒定。新物種蘊含著新的遺傳資源及生理代謝機制,并具有巨大的開發應用潛力,因此探索和發掘微生物新物種仍是當今微生物學領域重要的科學任務。
微生物的系統分類是建立以界、門、綱、目、科、屬、種為不同階元等級的鑒別體系,反映微生物的系統進化關系,“種”(Species)是該體系最基本的分類單位。模式菌株(Type strain)是在首次正式描述和命名微生物物種時所使用的、活的純培養物,是作為分類的實物依據和準則。根據國際原核生物命名法(International Code of Nomenclature of Prokaryotes,ICNP),所有新命名的可培養微生物,都必須指定一個模式菌株,并作為公共資源,同時保存到2個國家和/或地區的菌種保藏中心。
模式菌株通常是同一微生物物種中生物學特征描述最清晰的菌株,具有唯一性和參考性,是一類特殊的微生物資源。根據LPSN(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)(Parte,2018)官方網站統計,截至2020年6月,依照國際原核生物命名法有效發表的微生物共19527種(https://lpsn.dsmz.de/text/numbers),這些已知物種的模式菌株廣泛分布在全球各公共菌種保藏中心,其中比較重要和著名的菌種保藏中心包括德國微生物菌種保藏中心(German Collection of Microorganisms and Cell Cultures,DSMZ)、日本微生物菌種保藏中心(Japan Collection of Microorganisms,JCM)和美國典型菌種保藏中心(American Type Culture Collection,ATCC)等。國家微生物資源平臺數據顯示,目前我國共有模式菌株3673株(http://nimr.org.cn/moshijunIndexAction.action),主要集中在中國普通微生物菌種保藏管理中心(China General Microbiological Culture Collection Center,CGMCC)和中國典型培養物保藏中心(China Center for Type Culture Collection,CCTCC)。廣東省微生物菌種保藏中心(GuangDong Microbial Culture Collection Center,GDMCC)和其他專業菌種保藏中心亦有一定數量的保存。
中國學者對微生物分類學發展貢獻巨大。自2011年起,中國成為世界上每年發表微生物新種最多的國家(Sant'Annaet al., 2020)。隨著微生物分離與培養新方法、新技術的不斷出現,越來越多的微生物新資源將被發現,意味著需要更多數量的模式菌株用于對比實驗研究。中國學者從國外保藏機構獲取模式菌株,要受到《生物多樣性公約》、《名古屋議定書》、當事國生物遺傳資源管理法規、菌種保藏中心材料轉移協議(MTA)以及國際貿易和運輸條件等諸多因素的約束,需要耗費研究者大量的時間和精力,甚至有些菌株難以從國際保藏機構獲取,嚴重影響了我國微生物分類學研究工作的開展。
為了提高模式菌株的可獲得性,進一步促進模式菌株的長期安全保藏和開放共享,廣東省微生物研究所和廣東微生物菌種保藏中心擬聯合國內外微生物資源同行發起共建全球模式菌株庫(Global Type Strain Bank,GTSB)行動,致力于:(1)通過合法途徑實現散在模式菌株資源的整合;(2)搭建大規模、高質量的模式菌株實物庫;(3)開發模式菌株全分類指標標準信息庫;(4)模式菌株實物和信息的公益共享。通過GTSB行動,提升模式菌株的可獲得性,促進我國微生物分類學研究的發展。
廣東省微生物菌種保藏中心(WDCM編號953)成立于1987年,是國際認可的模式菌株保藏機構和《布達佩斯條約》國際保藏單位(International Depositary Authority,IDA),現已建成擁有普通微生物菌種庫、專利菌種庫和13個專業菌種庫的大型微生物資源中心,保藏菌種23000多株,覆蓋了農業、工業、環境、分析和食藥用菌等領域,并具有顯著的熱帶亞熱帶特色,長期為社會各界提供高效的菌種資源共享和鑒定等服務,菌株發放率處于國內前列。中心現有工作人員63名,保藏庫面積約2000平米。近年來,中心積極開展模式菌株的收集、整理、保藏和共享工作,現存各類模式菌株1089株。中心愿借本次公益行動,繼續做好微生物資源的保藏與共享服務工作,將為全球模式菌株庫(GTSB)提供專門的資源保藏空間和設施(保藏庫面積約1000平米),使用3種以上的方式進行資源的長期安全保藏。
廣東省微生物菌種保藏中心將在《生物多樣性公約》和《名古屋議定書》框架下,積極與模式菌株的原始保藏人和相關保藏機構聯系,在嚴格遵守相關法律法規和充分尊重知識產權的基礎上,實現更多的模式菌株資源的整合與公益性共享。歡迎國內學者將待發表模式菌株保存在我中心,中心將提供免費全基因組草圖測序服務,同時也將按保藏菌株數量的2倍為保藏人免費提供庫藏的其它模式菌株。
讓我們共同攜手,建設全球模式菌株庫,更好地服務中國微生物資源學研究。
真誠期待您的參與!
本倡議得到了鄧子新院士、吳清平院士、張偲院士、沈建忠院士、陳堅院士、陳衛院士、任發政院士、楊瑞馥研究員、東秀珠研究員、姜瑞波研究員和程池教授的大力支持!
有意參加共建的單位和專家可以發郵件至 gtsb@gdim.cn,或電話聯系鄧名榮(13760724481)、馮廣達(13760649653)。
廣東省微生物研究所 廣東省微生物菌種保藏中心
2020年6月26日
全球模式菌株庫(GTSB)共建行動指導專家委員會
鄧子新院士 吳清平院士 張偲院士 沈建忠院士 陳堅院士陳衛院士 任發政院士 楊瑞馥研究員 東秀珠研究員 姜瑞波研究員 程池教授
全球模式菌株庫(GTSB)共建行動監督專家委員會
主任:吳清平院士
副主任:朱紅惠 邵宗澤 李文均 許學偉
委員(按姓氏首字母排序):
曹 毅 陳 波 陳冠軍 承 磊 崔恒林 杜宗軍 鄧 宇
郭文超 何 健 何 山 李 猛 李越中 劉 波 全哲學
田新朋 萬 一 王 韌 王 瑋 王治業 韋革宏 吳 敏
楊 紅 姚 粟 姚 青 張惠文 張利莉 張 維 張曉華
鄭世學 周劍平
秘書:鄧名榮 馮廣達
目前,已有來自以下單位的專家支持并愿意參與全球模式菌株庫(GTSB)共建行動:
(按單位名稱首字母排序)
北京市農林科學院
大連民族大學
東北農業大學
復旦大學
福建農林大學
福建省農業科學院
暨南大學
江南大學
江蘇大學
軍事醫學科學院
甘肅省科學院生物研究所
廣東省農業科學院植物保護研究所
海南大學
河海大學
華南理工大學
華南農業大學
華中農業大學
華中師范大學
湖南大學
南開大學
南京農業大學
南京工業大學
內蒙古大學
寧波大學
農業農村部沼氣科學研究所
山東大學(青島)
山東大學(威海)
上海交通大學
陜西省科學院陜西省微生物研究所
深圳大學
深圳國家基因庫
四川大學
塔里木大學
西北農林科技大學
西藏農牧學院
廈門大學
新疆農業科學院微生物應用研究所
新疆師范大學
云南大學云南省微生物研究所
浙江大學
浙江農林大學
浙江理工大學
中山大學
中國海洋大學
中國工業菌種保藏管理中心
中國海洋微生物菌種保藏管理中心
中國極地研究中心
中國科學院南海海洋研究所
中國科學院沈陽應用生態研究所
中國科學院煙臺海岸帶研究所
中國農業大學
中國農業科學院生物技術研究所
中國食品發酵工業研究院
自然資源部第二海洋研究所
自然資源部第三海洋研究所
參考文獻
1. Locey, K.J. & Lennon, J.T. Scaling laws predict global microbial diversity. Proc Natl Acad Sci USA. 2016. 113(21):5970-5975.
2. Sant'Anna FH, Reiter KC, Fátima Almeida P, Pereira Passaglia LM. Systematic review of descriptions of novel bacterial species: evaluation of the twenty-first century taxonomy through text mining. Int J Syst Evol Microbiol. 2020. 70(4):2925-2936.
3. Parte, AC. LPSN — List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (bacterio.net), 20 years on. Int J Syst Evol Microbiol. 2018. 68(6):1825-1829.
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