微生物基因組組裝及注釋分析系統，是由杭州柏熠科技有限公司開發的一款提供圖形操作界面的測序數據分析系統。組裝模塊的提供可以更好的對測序的物種信息進行評估，相較于傳統微生物培養和熒光定量PCR技術，全基因測序技術能夠高效獲得物種基因組信息、變異信息、物種差異等，克服檢測周期長、操作繁瑣、通量低等問題。本系統兼容三代Nanopore和二代原始測序數據，可實現實時快速分析，提供三代有參組裝、無參組裝、混合組裝、二代單雙端組裝模式?？梢允褂脩艨焖俚玫浇M裝結果、覆蓋度、統計信息、耐藥和毒力分析、基因注釋、MLST等結果。本系統提供從下機數據到結果報告一鍵式操作，與常規linux shell命令行調用多種程序測序數據分析相比，解決了操作難度大、分析可視化復雜等問題。通過高度優化的集成分析流程與完善的數據庫，最終實現一鍵式圖形界面分析，分析時間可縮短至10分鐘內。
功能介紹
本系統同時支持Nanopore、Pacbio等三代測序數據和Illumina、MGI、Ion Torrent等二代測序數據進行生物信息學分析，具體功能如下：
1.支持主流二代和三代測序下機數據的分析；
2.提供從下機數據到分析結果一鍵式操作；
3.支持多個主流組裝軟件選擇，提供無參，有參和混合組裝三種組裝方式；
4.支持多樣本和不同格式數據輸入；
5.提供樣本全基因組的覆蓋度圖和組裝完成的一致性序列；
6.有參組裝提供變異分析；
7.支持基因組組裝結果注釋，提供gff，gbk等注釋文件；
8.提供耐藥元件鑒定、耐藥機理和耐藥藥物鑒定等分析；
9.提供毒力元件鑒定、毒力機理等分析；
10.支持MLST分析；
11.可輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息；
12.提供結果數據做圖、統計功能以及圖表輸出功能；
13.提供樣本管理系統，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數據分析管理關聯等；
14.支持一鍵輸出可打印的分析報告，支持圖形和表格等結果的下載和輸出；
15.分析系統能夠提供國家認可的計算機軟件著作權登記證書或其他知識產權證明。
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